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Die Struktur und Dynamik von kleinen Eukaryoten (Zellen mit einem Durchmesser von weniger als 5 Mikrom) wurden über zwei aufeinanderfolgende Jahre in einem oligomesotrophen See (Lac Pavin in Frankreich) untersucht. Wasserproben wurden in 5 und 30 m Tiefe unter der Oberfläche entnommen; wenn der See geschichtet war, entsprachen diese Tiefen dem Epilimnion bzw. Hypolimnion. Veränderungen in der Struktur der kleinen Eukaryoten wurden mithilfe von terminaler Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus (T-RFLP) sowie Klonierung und Sequenzierung der 18S rRNA-Gene analysiert. Terminale Restriktionsfragmente von Klonen wurden verwendet, um die dominierenden Taxa in den T-RFLP-Profilen der Umweltsamples offenzulegen. Spumella-ähnliche Zellen (Chrysophyceae) dominierten nicht die kleine Eukaryoten-Gemeinschaft, die mit molekularen Techniken in lacustrinen Ökosystemen identifiziert wurde. Kleine Eukaryoten schienen von heterotrophen Zellen dominiert zu werden, insbesondere Cercozoa, die fast die Hälfte der identifizierten Phylotypen ausmachten, gefolgt von der Fungi-LKM11-Gruppe (25 %), Choanoflagellaten (10,3 %) und Chrysophyceae (8,9 %). Bicosoecida, Cryptophyta und Ciliaten machten weniger als 9 % der untersuchten Gemeinschaft aus. Es wurde keine saisonale Reproduzierbarkeit in der zeitlichen Entwicklung der kleinen Eukaryoten-Gemeinschaft von einem Jahr zum nächsten beobachtet. Die T-RFLP-Muster standen in Zusammenhang mit Bottom-up (Ressourcen) und Top-down (Beweidung) Variablen unter Verwendung der kanonischen Korrespondenzanalyse. Die Ergebnisse zeigten eine starke Top-down-Regulation der kleinen Eukaryoten durch Zooplankton, genauer gesagt, durch Cladocera in 5 m Tiefe und Copepoden in 30 m Tiefe. Unter den Bottom-up-Faktoren hatte die Temperatur einen signifikanten Einfluss in beiden Tiefen. Die Konzentrationen von stickstoffhaltigen Nährstoffen und insgesamt Phosphor hatten ebenfalls einen Einfluss auf die Dynamik der kleinen Eukaryoten in 5 m Tiefe, während die Bakterienhäufigkeit und der gelöste Sauerstoff eine wichtigere strukturierende Rolle in der tieferen Zone spielten.
Lepère et al. (Sat,) untersuchten diese Frage.
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