Akute Hepatitis-C-Virus-Gen-Sequenzen als Prädiktoren für persistierende Viremie: Hypervariable Region 1 als Ablenkung

Wir haben die Hypothese aufgestellt, dass die Persistenz des Hepatitis-C-Virus (HCV) mit der Sequenzvariabilität mutmaßlicher Hüllgene zusammenhängt. Diese Hypothese wurde getestet, indem die Quasispezies in Proben charakterisiert wurden, die alle sechs Monate von einer Kohorte akuter HCV-infizierter Personen gesammelt wurden (mittlere Dauer der Probenentnahme, 72 Monate nach Serokonversion). Wir bewerteten 5 Individuen, die die Viremie spontan beseitigt hatten, und 10 Individuen mit persistierender Viremie, indem wir 33 1-kb Amplicons klonierten, die E1 und die 5' Hälfte von E2 umspannten, einschließlich der hypervariablen Region 1 (HVR1). Um die Komplexität der Quasispezies zu bewerten und Varianten zur Sequenzierung zu erkennen, wurde die erste PCR-positive Probe mithilfe einer zuvor beschriebenen Methode untersucht, die Heteroduplexanalyse und Analyse von einzelsträngigen konformationalen Polymorphismen kombiniert. Das Verhältnis der nicht-synonymen zu synonymen Substitutionen (dN/dS) innerhalb jeder Probe wurde als Indikator für den relativen selektiven Druck bewertet. Aminosäuresequenzen wurden auf signaturmäßige Muster, Glykosylierungssignale und Ladung analysiert. Die Komplexität der Quasispezies war höher und die E1 dN/dS-Verhältnisse (selektiver Druck) waren niedriger bei denjenigen mit persistierender Viremie; der Zusammenhang mit der Persistenz wurde durch das Vorhandensein einer Kombination beider Eigenschaften verstärkt. Im Gegensatz dazu wurde ein Trend zu höheren HVR1 dN/dS-Verhältnissen bei denjenigen mit persistierender Viremie festgestellt. Wir haben keinen solchen Zusammenhang für Faktoren erkannt, die die Komplexität beeinflussen könnten, wie z.B. die Serum-HCV-RNA-Konzentration. HVR1 hatte eine niedrigere positive Ladung bei Personen mit persistierender Viremie, obwohl keine konsistenten Motive festgestellt wurden. Unsere Daten deuten darauf hin, dass die HCV-Persistenz mit einer komplexen Quasispezies und einer Immunantwort auf HVR1 verbunden ist.