Metassembler: Zusammenführen und Optimieren von de novo Genomassemblierungen

Genomassemblierungsprojekte verwenden typischerweise mehrere Algorithmen, um die beste Assemblierung zu finden, obwohl diese Assemblierungen oft komplementäre, wenn auch ungenutzte, Stärken und Schwächen aufweisen. Wir stellen unseren Metassembler-Algorithmus vor, der mehrere Assemblierungen eines Genoms zu einer überlegenen Sequenz zusammenführt. Wir wenden ihn auf die vier Genome der Assemblathon-Wettbewerbe an und zeigen, dass er die Kontinuität und Qualität jeder Assemblierung konsistent und erheblich verbessert. Darüber hinaus entwickeln wir Richtlinien für die Meta-Assemblierung, indem wir systematisch 120 Permutationen des Zusammenführens der besten 5 Assemblierungen des ersten Assemblathon-Wettbewerbs bewerten. Die Software ist Open Source unter http://metassembler.sourceforge.net.