G4-Motive korrelieren mit der Transkriptionspausierung in der Nähe des Promotors in menschlichen Genen

Der RNA-Pol II-Transkriptionskomplex pausiert direkt stromabwärts des Promotors in einem signifikanten Anteil menschlicher Gene. Die lokalen Merkmale der genomischen Struktur, die zur Pausierung beitragen, wurden nicht definiert. Hier zeigen wir, dass Gene, die pausieren, im Bereich um die Transkriptionsstartstelle (TSS) G-reicher sind als RefSeq-Gene oder nicht-pausierende Gene. Wir zeigen, dass die Anreicherung von Bindemotiven für häufige Transkriptionsfaktoren, wie SP1, für die G-Reichheit stromaufwärts, aber nicht stromabwärts des TSS verantwortlich sein könnte. Weiterhin zeigen wir, dass Pausierung mit der Präsenz eines GrIn1-Elements korreliert, einem Element, das ein oder mehrere G4-Motive am 5'-Ende des ersten Introns auf dem nicht-matrixierenden DNA-Strang trägt. Diese Ergebnisse deuten auf potenzielle Rollen für dynamische G4-DNA- und G4-RNA-Strukturen in der cis-Regulation der Pausierung und damit auf genomweite Regulation der Genexpression in menschlichen Zellen hin.