TissueInfo: Hochauslese-Identifikation von Gewebe-Expressionsprofilen und -spezifität

Wir beschreiben TissueInfo, eine wissensbasierte Methode zur Hochdurchsatzidentifikation von Gewebe-Expressionsprofilen und Gewebespezifität. TissueInfo definiert eine Reihe von Gewebeinformationsberechnungen, die für eine große Anzahl von Genen, expressed sequence tags (ESTs) oder Proteinen berechnet werden können. Die aus den TissueInfo-Berechnungen resultierenden Gewebeinformationsaufzeichnungen werden verwendet, um Tabellen zu generieren, die für Data Mining geeignet sind und zur Auswahl von Genen gemäß einem bestimmten Expressionsprofil oder einer bestimmten Spezifität. Bei der Bewertung anhand eines Testdatensatzes von 116 Proteinen und Literaturinformationen wurde festgestellt, dass TissueInfo für 69% der identifizierten Gewebespezifitäten und für 80% der Expressionsprofile genau war. Die Genauigkeit der Identifizierungen kann erhöht werden, wenn Abfragesequenzen, für die wenig Informationen aus dbEST verfügbar sind, ignoriert werden. Somit erreicht TissueInfo mit 80% Abdeckung eine Genauigkeit von 76% für Spezifität und 89% für Expression. Für denselben Satz von Proteinen war die kuratierte Gewebespezifität, die in SWISS-PROT angeboten wird, in 78% der Fälle genau. TissueInfo kann nützlich sein für die Auswahl von Klonen für benutzerdefinierte Mikroarrays, die Auswahl von Trainingssätzen für die ab initio Identifikation von Gewebeinformationen, die Entdeckung von Genen und genomweite Vorhersagen. Weitere Informationen über das Programm sind unter http://icb.mssm.edu/tissueinfo verfügbar.