PathBLAST: ein Werkzeug zur Ausrichtung von Protein-Interaktionsnetzwerken

PathBLAST ist ein Netzwerk-Ausrichtungs- und Suchwerkzeug zum Vergleich von Protein-Interaktionsnetzwerken zwischen verschiedenen Arten, um Proteinwege und -komplexe zu identifizieren, die durch die Evolution konserviert wurden. Die Grundmethode sucht nach hochbewerteten Ausrichtungen zwischen Paaren von Protein-Interaktionswegen, wobei die Proteine des ersten Weges mit putativen Orthologen gepaart werden, die in derselben Reihenfolge im zweiten Weg vorkommen. Diese Technik unterscheidet zwischen echten und falsch positiven Interaktionen und ermöglicht die funktionale Annotation von Protein-Interaktionswegen basierend auf der Ähnlichkeit mit dem Netzwerk einer anderen, gut charakterisierten Art. PathBLAST ist jetzt unter http://www.pathblast.org/ als webbasierte Abfrage verfügbar. In dieser Implementierung gibt der Benutzer einen kurzen Protein-Interaktionsweg an, um gegen ein Ziel-Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk zu suchen, das aus einer Netzwerkdatenbank ausgewählt wurde. PathBLAST gibt eine rangierte Liste von übereinstimmenden Wegen aus dem Zielnetzwerk zusammen mit einer grafischen Ansicht dieser Wege und der Überlappung zwischen ihnen zurück. Ziel-Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke sind derzeit für Helicobacter pylori, Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans und Drosophila melanogaster verfügbar. Genau wie BLAST einen schnellen Vergleich von Proteinsequenzen zwischen Genomen ermöglicht, ermöglichen Werkzeuge wie PathBLAST die vergleichende Genomik auf Netzwerkebene.