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Die Verwendung von Gel-Elektrophorese für quantitative Studien zur DNA-Protein-Interaktion wird beschrieben. Diese schnelle und einfache Technik beinhaltet die Trennung von freier DNA von DNA-Protein-Komplexen basierend auf Unterschieden in ihrer elektrophoretischen Mobilität in Polyacrylamidgelen. Unter günstigen Bedingungen können sowohl ungebundene DNA als auch DNA, die mit Protein assoziiert ist, quantifiziert werden. Diese Gelmethode wird zur Untersuchung des Regulierungssystems des E. coli-Lactose-Operons angewendet. Bei Ionenstärken im physiologischen Bereich wird gezeigt, dass das Katabolit-Aktivatorprotein (CAP) einen langlebigen Komplex mit dem Wildtyp-lac-Promotor bildet, jedoch nicht mit einem CAP-unempfindlichen Mutanten. Die Bildung eines stabilen „offenen“ oder „geschmolzenen“ Komplexes von RNA-Polymerase mit dem Wildtyp-Promotor erfordert die Teilnahme von CAP und cyclischem AMP. Darüber hinaus wird demonstriert, dass selbst wenn der polymerase-Promoter-offene Komplex in Anwesenheit von CAP-cAMP vorgebildet wird, dieser instabil wird, wenn CAP dann selektiv entfernt wird.
Garner et al. (Thu,) haben diese Frage untersucht.