Sequenzierung, Analyse und Annotation von exprimierten Sequenz-Elementen für Camelus dromedarius

Trotz seiner ökonomischen, kulturellen und biologischen Bedeutung gab es bis heute kein großangelegtes Sequenzierungsprojekt für Camelus dromedarius. Mit dem Ziel, die vollständige DNA des Organismus zu sequenzieren, haben wir zunächst camel EST-Bibliotheken erstellt und sequenziert, wodurch 70.272 Reads generiert wurden. Nach dem Trimmen, der Chimärenprüfung, der Wiederholungsmaske, Clusterbildung und Assemblierung erhielten wir 23.602 putative Gensequenzen, von denen über 4.500 potenziell neuartige oder schnell evolvierende Gensequenzen keine Homologie zu anderen verfügbaren Genomen aufweisen. Die funktionale Annotation von Sequenzen mit Ähnlichkeiten in Nukleotid- und Proteindatenbanken wurde unter Verwendung der Gene Ontology-Klassifikation erzielt. Der Vergleich mit verfügbaren cDNA-Sequenzen in voller Länge und die Open Reading Frame (ORF)-Analyse der KameleSequenzen, die Homologie zu bekannten Genen aufweisen, zeigen, dass mehr als 80 % der Contigs mit einem ORF > 300 bp und ungefähr 40 % Treffer zu den Startcodons von cDNAs in voller Länge reichen, was auf eine erfolgreiche Charakterisierung von Kamelgenen hinweist. Ähnlichkeitsanalysen werden getrennt für verschiedene Organismen wie Mensch, Maus, Rind und Ratte durchgeführt. Das begleitende Webportal CAGBASE (http://camel.kacst.edu.sa/) beherbergt eine relationale Datenbank mit annotierten EST-Sequenzen und Analysetools mit der Möglichkeit, Sequenzen aus öffentlichen Quellen hinzuzufügen. Wir erwarten, dass unsere Ergebnisse eine Basis für genomische Studien von Kamelen und andere vergleichende Studien bieten, die einen Ausgangspunkt für die gesamte Genomsequenzierung des Organismus ermöglichen.