Der 3D-Genom-Browser: ein webbasierter Browser zur Visualisierung der 3D-Genomorganisation und langreichweitiger Chromatininteraktionen

Hier stellen wir den 3D-Genom-Browser, http://3dgenome.org , vor, der es Benutzern ermöglicht, bequem sowohl ihre eigenen als auch über 300 öffentlich verfügbare Chromatininteraktionsdaten verschiedener Typen zu erkunden. Wir entwerfen ein neues binäres Datenformat für Hi-C-Daten, das die Dateigröße um mindestens eine Größenordnung reduziert und es Benutzern ermöglicht, Chromatininteraktionen über Millionen von Basenpaaren innerhalb von Sekunden zu visualisieren. Unser Browser bietet mehrere Methoden, um distale cis-regulatorische Elemente mit ihren potenziellen Zielgenen zu verknüpfen. Benutzer können nahtlos Tausende von anderen Omics-Daten integrieren, um eine umfassende Sicht auf die regulatorische Landschaft und die 3D-Genomstruktur zu gewinnen.