Anwendungen des InChI in der Cheminformatik mit dem CDK und Bioclipse

Die InChI-Algorithmen sind in C++ geschrieben und nicht als Java-Bibliothek verfügbar. Die Integration in Software, die in Java geschrieben ist, erfordert daher eine Brücke zwischen C- und Java-Bibliotheken, bereitgestellt durch die Java Native Interface (JNI)-Technologie. Wir beschreiben hier, wie die InChI-Bibliothek im Bioclipse-Arbeitsbereich und in der Chemie-Entwicklungs-Kit (CDK) Cheminformatik-Bibliothek verwendet wird. Um dies zu ermöglichen, wurde eine JNI-Brücke zur InChI-Bibliothek entwickelt, JNI-InChI, die es Java-Software ermöglicht, auf die InChI-Algorithmen zuzugreifen. Durch die Nutzung dieser Brücke paketiert das CDK-Projekt die InChI-Binärdateien in einem Modul und bietet einfachen Zugriff von Java aus über die CDK-API. Das Bioclipse-Projekt paketiert und bietet InChI als dynamisches OSGi-Bundle an, das von jeder OSGi-konformen Software einfach verwendet werden kann, zusätzlich zu den regulären Java-Archiven und Maven-Bundles. Bioclipse selbst verwendet das InChI als Schlüsselfunktion und berechnet es sofort bei der Visualisierung und Bearbeitung chemischer Strukturen. Wir demonstrieren die Nützlichkeit von InChI mit verschiedenen Anwendungen in CDK und Bioclipse, wie Entscheidungsunterstützung für die Bewertung chemischer Haftung, Tautomer-Generierung und zur Wissensaggregation durch einen verlinkten Datenansatz. Diese Ergebnisse zeigen, dass die InChI-Bibliothek in einer Vielzahl von Java-Bibliotheksabhängigkeitlösungen verwendet werden kann, wodurch die Funktionalität für Java-Software leicht zugänglich ist, wie im CDK. Die Anwendungen zeigen verschiedene Möglichkeiten, wie InChI in Bioclipse verwendet wurde, um dessen Funktionalität zu bereichern.