Bestimmung der Exon-Verbindungen in komplexen mRNAs durch Nanoporen-Sequenzierung

Obwohl leistungsstark, ist die RNA-Sequenzierung mit kurzen Lesezeichen (Short-read high-throughput) in ihrer Fähigkeit begrenzt, die Exon-Verbindungen in mRNAs direkt zu messen, die mehrere alternative Exons enthalten, die weiter auseinanderliegen als die maximale Lese-Länge. Hier verwenden wir den Oxford Nanopore MinION-Sequenzer, um 7.899 'vollständige' Isoformen zu identifizieren, die aus vier Drosophila-Genen, Dscam1, MRP, Mhc und Rdl, exprimiert werden. Diese Ergebnisse zeigen, dass die Nanoporen-Sequenzierung verwendet werden kann, um einzelne Isoformen zu dekodieren und dass sie das Potenzial hat, eine leistungsstarke Methode zur umfassenden Charakterisierung des Transkriptoms zu sein.