Ein interaktives Grafikprogramm zum Vergleichen und Ausrichten von Nukleinsäure- und Aminosäuresequenzen

Dieses Papier beschreibt ein Computerprogramm, das entwickelt wurde, um nach Ähnlichkeiten zwischen Paaren von Nukleinsäure- oder Aminosäuresequenzen zu suchen. Das Programm sucht sowohl nach Segmenten mit perfekter Identität als auch nach Regionen, in denen ein Mindestwert unter Verwendung einer Bewertungsmatrix überschritten wird. Die Ergebnisse der Vergleiche werden als Matrix präsentiert, die auf einem einfachen Grafikterminal angezeigt wird. Die Verwendung eines Grafikterminals ermöglicht es dem Benutzer, die gesamten zwei Sequenzen auf einem Bildschirm anzuzeigen oder sich auf interessante Regionen zu konzentrieren, um diese detaillierter zu untersuchen. Das Programm ist interaktiv, sodass der Benutzer leicht die Auswirkungen von Änderungen an Variablen sehen und integrierte Bearbeitungsfunktionen verwenden kann, um Einsätze vorzunehmen, um die beiden Sequenzen auszurichten. Diese ausgerichteten Sequenzen können dann auf Datenträgern gespeichert werden, um weiter bearbeitet zu werden.