Klassifikation von Myoviridae-Bakteriophagen anhand von Proteinsequenzähnlichkeiten

HINTERGRUND: Wir befürworten die Vereinheitlichung der klassischen und genomischen Klassifikation von Bakteriophagen durch die Integration von proteomischen Daten und physikochemischen Parametern. Unsere frühere Anwendung dieses Ansatzes auf die vollständig sequenzierten Mitglieder der Podoviridae unterstützte vollständig die aktuelle Phagenklassifikation des Internationalen Komitees für die Taxonomie von Viren (ICTV). Es scheint, dass horizontaler Gentransfer im Allgemeinen die evolutionären Beziehungen zwischen Phagen nicht vollständig auslöscht. ERGEBNISSE: CoreGenes/CoreExtractor-Proteomvergleichstechniken, die auf 102 Myoviridae angewendet wurden, deuten auf die Etablierung von drei Unterfamilien hin (Peduovirinae, Teequatrovirinae, die Spounavirinae) und acht neuen unabhängigen Gattungen (Bcep781, BcepMu, FelixO1, HAP1, Bzx1, PB1, phiCD119 und phiKZ-ähnliche Viren). Die Unterfamilie Peduovirinae, die von den P2-verwandten Phagen abgeleitet ist, besteht aus zwei verschiedenen Gattungen: den "P2-ähnlichen Viren" und den "HP1-ähnlichen Viren". Derzeit hat die komplexere Unterfamilie Teequatrovirinae zwei Gattungen, die "T4-ähnlichen" und "KVP40-ähnlichen Viren". In der Gattung "T4-ähnliche Viren" werden vier Gruppen unterschieden, die >70 % der Proteine gemeinsam haben: T4-Typ, 44RR-Typ, RB43-Typ und RB49-Typ-Viren. Die Spounavirinae enthalten die "SPO1-" und "Twort-ähnlichen Viren." DAS FAZIT: Die hierarchische Clusterung dieser Gruppierungen bietet biologisch signifikante Unterteilungen, die mit unserer vorherigen Analyse der Podoviridae übereinstimmen.