g:Profiler—ein Webserver zur funktionalen Interpretation von Genlisten (Update 2011)

Die funktionale Interpretation von Kandidatengenlisten ist eine wesentliche Aufgabe in der modernen biomedizinischen Forschung. Hier präsentieren wir das Update 2011 von g:Profiler (http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/), einer beliebten Sammlung von Webtools für die funktionale Analyse. g:GOSt und g:Cocoa kombinieren umfassende Methoden zur Interpretation von Genlisten, geordneten Listen und Listensammlungen im Kontext biomedizinischer Ontologien, Wege, Transkriptionsfaktoren und mikroRNA-regulatorischen Motiven sowie Protein-Protein-Interaktionen. Zusätzliche Tools, nämlich der Biomolekül-ID-Mapping-Service (g:Convert), der Ähnlichkeitssucher für Genexpression (g:Sorter) und der Gen-Homologiesuchdienst (g:Orth), bieten zahlreiche Möglichkeiten für weitere Analysen und Interpretationen. In diesem Update haben wir mehrere Funktionen implementiert, die für die Gemeinschaft von Interesse sind: (i) die funktionale Analyse von Einzel-Nukleotid-Polymorphismen und anderen DNA-Polymorphismen wird durch chromosomale Abfragen unterstützt; (ii) die Netzwerkdiagnose identifiziert angereicherte Protein-Protein-Interaktionsmodule in Genlisten; (iii) die funktionale Analyse umfasst menschliche Krankheitsgene; und (iv) verbesserte Statistiken und Filterfunktion bieten prägnantere Ergebnisse. g:Profiler ist eine regelmäßig aktualisierte Ressource, die für eine breite Palette von Spezies verfügbar ist, einschließlich Säugetieren, Pflanzen, Pilzen und Insekten.