Hochauflösendes Transkriptom humaner Makrophagen

Makrophagen sind dynamische Zellen, die Signale aus ihrem Mikroumfeld integrieren, um spezifische funktionelle Antworten zu entwickeln. Obwohl mikromatrizenbasierte Transkriptionsprofilierung das transkriptionale Reprogramming als einen wichtigen Mechanismus für die Signalintegration und Zellfunktion von Makrophagen etabliert hat, ist das derzeitige Wissen über die transkriptionale Regulation menschlicher Makrophagen weit davon entfernt, vollständig zu sein. Um neuartige Marker-Gene zu entdecken, ein Bereich mit großem Bedarf insbesondere in der Biologie menschlicher Makrophagen, aber auch um ein viel umfassenderes Transkriptom menschlicher M1- und M1-ähnlicher Makrophagen zu erstellen, führten wir RNA-Sequenzierung (RNA-seq) menschlicher Makrophagen durch. Mit diesem Ansatz können wir jetzt ein hochauflösendes Transkriptomprofil menschlicher Makrophagen unter klassischen (M1-ähnlichen) und alternativen (M2-ähnlichen) Polarisationbedingungen bereitstellen und einen dynamischen Bereich demonstrieren, der die Beobachtungen früherer Technologien übersteigt, was zu einem umfassenderen Verständnis des Transkriptoms menschlicher Makrophagen führt. Mit diesem Ansatz identifizieren wir wichtige Gencluster, die bislang von Standard-Mikromatrizen-Techniken nicht gewürdigt wurden. Darüber hinaus konnten wir unterschiedliche Promoternutzung, alternative Transkriptionsstartstellen und verschiedene kodierende Sequenzen für 57 Genloci in menschlichen Makrophagen nachweisen. Zudem führte dieser Ansatz zur Identifikation neuartiger M1-assoziierter (CD120b, TLR2, SLAMF7) sowie M2-assoziierter (CD1a, CD1b, CD93, CD226) Oberflächenmarker. Zusammenfassend unterstützen diese Daten, dass die hochauflösende Transkriptomprofilierung menschlicher Makrophagen durch RNA-seq zu einem besseren Verständnis der Makrophagenfunktion führt und die Grundlage für eine bessere Charakterisierung von Makrophagen in der menschlichen Gesundheit und Krankheit bildet.