Gleichgewichtsstudien zu Ethidium-Polynukleotid-Interaktionen

Wir berichten über Gleichgewichtsdialyse-Studien zur Bindung von Ethidium an eine Vielzahl von doppelhelikalen synthetischen Polynukleotiden, die A.U (oder T) und I.C Basenpaare enthalten. Die Ergebnisse werden im Rahmen des Nachbarn-Ausschlussmodells der Arzneimittelbindung interpretiert, wobei sowohl die Kooperationsneigung der Bindung als auch ein struktureller Wechsel der Helix zu einer anderen Form, die das Arzneimittel effektiver bindet, berücksichtigt werden. Sowohl DNA als auch die untersuchten alternierenden Copolymere poly[d(A-T)] und poly[d(I-C)] zeigten eine hohe Affinität (10(4)--10(5) M-1) in 1 M Salz. Homopolynukleotide zeigten ein komplizierteres Muster der Affinitäten: poly(rA).poly(rU), poly(rA).poly(dT) und poly(dA).poly(rU) zeigten hohe Affinität, während poly(dA).poly(dT), poly(rI).poly(rC) und poly(dI).poly(dC) eine niedrige Affinität (weniger oder gleich 10(3) M-1) aufwiesen. Der Nachbarn-Ausschlussbereich wurde für DNA oder B-Familien-Haarnadelstrukturen auf zwei Basenpaare und für RNA oder A-Familien-Haarnadelstrukturen auf drei Basenpaare geschätzt. Im Allgemeinen zeigten Polynukleotide eine gewisse Kooperativität in ihrer Ethidium-Bindung. Die Daten zeigen einen Wechsel von poly(d(I-C)) zu einer Form, die Ethidium effektiver binden kann.