tcR: ein R-Paket für die fortgeschrittene Datenanalyse des T-Zell-Repertoire

HINTERGRUND: Die Immunoglobuline (IG) und die T-Zell-Rezeptoren (TR) spielen eine Schlüsselrolle bei der Antigen-erkennung während der adaptiven Immunantwort. Jüngste Fortschritte in der Sequenzierungstechnologie der nächsten Generation haben die Möglichkeit für die tiefgehende Profilerstellung des T-Zell-Repertoires eröffnet. Allerdings ist eine spezialisierte Software erforderlich für die rationale Analyse der massiven Daten, die durch die Sequenzierung der nächsten Generation erzeugt werden. ERGEBNISSE: Hier präsentieren wir tcR, ein neues R-Paket, das eine Plattform für die fortgeschrittene Analyse von T-Zell-Repertoire bietet, einschließlich Diversitätsmaße, Identifizierung geteilter T-Zell-Rezeptor-Sequenzen, Berechnung von Genutzungsstatistiken und anderer weit verbreiteter Methoden. Das Tool hat in jüngsten Forschungsstudien seine Nützlichkeit bewiesen. SCHLUSSFOLGERUNGEN: tcR ist ein R-Paket für die fortgeschrittene Analyse von T-Zell-Repertoires nach der Extraktion primärer TR-Sequenzen aus rohen Sequenzierungsdaten. Die stabile Version kann direkt aus dem Comprehensive R Archive Network (http://cran.r-project.org/mirrors.html) installiert werden. Der Quellcode und die Entwicklungsversion sind auf tcR GitHub (http://imminfo.github.io/tcr/) verfügbar, zusammen mit der vollständigen Dokumentation und typischen Anwendungsbeispielen.