Exegese: ein Verfahren zur Verbesserung von Genvorhersagen und dessen Anwendung zur Auffindung von Immunoglobulin-Superfamilienproteinen im menschlichen und Mausgenom

Exegese ist ein Verfahren zur Verfeinerung der Genvorhersagen, die für komplexe Genome, z. B. die von Menschen und Mäusen, erzeugt werden. Es verwendet das Programm Genewise, experimentell bestimmte Sequenzen, experimentelle Karten von Gen-Segmentbibliotheken und einen neuen Browser, der es dem Benutzer ermöglicht, mehrere Genkarten schnell zu inspizieren und mit Regionen genombasierter Sequenzen zu vergleichen. Das Verfahren sollte allgemein nützlich sein. Hier verwenden wir das Verfahren, um Mitglieder der Immunoglobulin-Superfamilie in den menschlichen und Mausgenomen zu finden. Dazu wurde Exegese verwendet, um die ursprünglichen Genvorhersagen aus der automatisierten Ensembl-Annotationspipeline zu verarbeiten. Exegese produzierte (i) viele vollständige Gene und neue Transkripte und (ii) eine Zuordnung der Gene von Immunoglobulin und T-Zell-Rezeptoren zur Genom, die im Ensembl-Set weitgehend fehlen.