Ein Säugetier-Hochmobilitätsgruppe-Protein erkennt jede Strecke von sechs A.T-Basenpaaren in duplex DNA.

Alpha-Protein ist ein Hochmobilitätsgruppe-Protein, das ursprünglich aus Zellen des afrikanischen Grünen Affen aufgrund seiner Affinität für das 172-Basenpaar-Wiederholung des Affen-alpha-Satelliten-DNA gereinigt wurde. Wir haben DNase I-Footprinting verwendet, um 50 Alpha-Protein-Bindungsstellen auf dem Simian Virus 40-DNA zu identifizieren und damit die DNA-Bindungsspezifität dieses nukleären Säugetierproteins zu bestimmen. Alpha-Protein bindet mit ungefähr gleicher Affinität an jede Reihe von sechs oder mehr A X T-Basenpaaren in duplex DNA, an viele, wenn nicht sogar alle, Reihen von fünf A X T-Basenpaaren und an eine kleine Anzahl anderer Sequenzen innerhalb sonst (A + T)-reicher Regionen. Im Gegensatz zu gut charakterisierten sequenzspezifischen DNA-Bindungsproteinen wie bakteriellen Repressoren, stellt Alpha-Protein umfangreiche Kontakte innerhalb des minor grooves von B-DNA her. Diese und verwandte Ergebnisse deuten darauf hin, dass Alpha-Protein eher eine Konfiguration des minor grooves erkennt, die für kurze Reihen von A X T-Basenpaaren charakteristisch ist, als an einige spezifische DNA-Sequenzen zu binden. Wir diskutieren mögliche Funktionen des Alpha-Proteins und die Ähnlichkeiten in der DNA-Erkennung durch Alpha-Protein und das Antibiotikum Netropsin.