Ein Gittermodell zur Vorhersage der Proteinstruktur bei niedriger Auflösung.

Die Vorhersage der gefalteten Struktur eines Proteins aus seiner Sequenz hat sich als äußerst schwieriges rechnerisches Problem erwiesen. Wir haben eine außergewöhnlich einfache Darstellung einer Polypeptidkette entwickelt, mit der wir alle möglichen Rückgratkonformationen kleiner Proteine enumerieren können. Ein Protein wird durch einen selbstvermeidenden Pfad von verbundenen Vertizes auf einem tetraedrischen Gitter dargestellt, wobei mehrere Aminosäurereste jedem Gittervertex zugeordnet sind. Für fünf kleine strukturell unterschiedliche Proteine stellen wir fest, dass wir native ähnliche Strukturen von der überwältigenden Mehrheit der nicht-nativen Faltungen unterscheiden können, indem wir nur einfache strukturelle und energetische Kriterien verwenden. Diese Methode zeigt signifikante Allgemeingültigkeit und Vorhersagekraft, ohne dass Vorwissen über irgendwelche nativen strukturellen Details erforderlich ist.