Vergleich von Reinkulturen und natürlichen Ansammlungen von planktonischen photosynthetischen Schwefelbakterien durch Fingerabdruckanalyse von niedermolekularen RNA-Molekülen

Reinkulturen von phototrophen Schwefelbakterien wurden mit natürlichen Populationen verglichen, die in karstischen Seen blühen, durch elektroforetische Analyse von niedermolekularen RNA-Molekülen (lmwRNA) und Mikroskopie. Ähnlichkeiten zwischen dominanten Gemeinschaftsmitgliedern, Feldisolaten und Referenzstämmen wurden durch den Vergleich der lmwRNA-Bandmuster über Dendrogramme, die mit euklidischen Distanzen und der durchschnittlichen Verknüpfungsmethode erzeugt wurden, festgestellt. Die Fingerabdruckanalyse verfolgte drei Ziele: (i) Vergleich von mikrobiellen Gemeinschaften aus verschiedenen geografischen Standorten, (ii) Vergleich von Organismen, die in Reinkultur wachsen, mit denen, die planktonische Blüten bilden, und (iii) einen ersten Blick auf die Identität der vorherrschenden Gemeinschaftsmitglieder zu geben. Die lmwRNA-Analyse ergab eine Reihe von Clustern, die mit den mikroskopischen Beobachtungen übereinstimmten, und erlaubte einen schnellen Vergleich der mikrobiellen Gemeinschaften, ohne dass ihre einzelnen Komponenten isoliert werden mussten. Die Fingerabdrücke natürlicher Gemeinschaften unterschieden sich von den meisten getesteten Laborstämmen. Die für die in karstischen Seen analysierten Blüten verantwortlichen lila Schwefelbakterien standen näher zur Thiocystis-Gruppe als zu den klassischen Stämmen, die umfassend im Labor untersucht wurden.