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Wir haben Oligopeptide mit Längen von 2 bis 11 Resten in Proteinsequenzen untersucht, die keine offensichtliche evolutionäre Beziehung aufweisen. Alle Sequenzen in der Protein Identification Resource-Datenbank wurden sorgfältig durch empfindliche Homologiesuchen in Superfamilien klassifiziert, um unverzerrte Oligopeptid-Zählungen zu erhalten. Die Ergebnisse zeigen entgegen früherer Studien klare Vorurteile in Proteinsequenzen. Die Oligopeptid-Präferenzen wurden verwendet, um die Bedeutung von Sequenzhomologien zu bestimmen und um die allgemeineren Methoden zur Erkennung von protein-codierenden Regionen innerhalb von Nukleotidsequenzen zu verbessern.
McCaldon et al. (Fr,) haben diese Frage untersucht.