Ein Multi-Split-Mapping-Algorithmus zur Erkennung von zirkulärer RNA, Spleißung, Trans-Spleißung und Fusion.

Zahlreiche Hochdurchsatz-Sequenzierungsstudien haben sich auf die Erkennung konventionell gespleißter mRNAs in RNA-seq-Daten konzentriert. Jedoch werden nicht-standardisierte RNAs, die durch Genfusion, Zirkularisierung oder Trans-Spleißung entstehen, oft vernachlässigt. Wir stellen einen neuartigen, unvoreingenommenen Algorithmus vor, um Spleißstellen aus Einzel-End-cDNA-Sequenzen zu erkennen. Im Gegensatz zu anderen Methoden berücksichtigt unser Ansatz Mehrfach-Spleißstrukturen. Unsere Methode schneidet im Vergleich zu konkurrierenden Werkzeugen für konventionell gespleißte mRNAs gut ab und übertrifft sie systematisch bei Reads mit mehreren Splits, Trans-Spleißung und zirkulären Produkten mit einer Steigerung von bis zu 40 % der Rückrufrate. Der Algorithmus ist in unser Mapping-Tool segemehl integriert (http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/segemehl/).