Hochauflösende DNA-Kopienzahl- und Genexpressionsanalysen unterscheiden chromophobe Nierenzellkarzinome von Nierenonkocytomen

HINTERGRUND: Die Diagnose von benignen Nierenonkocytomen (RO) und chromophoben Nierenzellkarzinomen (RCC) basierend auf ihrer Morphologie bleibt in mehreren Fällen ungewiss. METHODEN: Wir haben Affymetrix GeneChip Mapping 250 K NspI Hochdichte-Oligoarrays angewendet, um kleine genomische Änderungen zu identifizieren, die über die spezifischen Verluste ganzer Chromosomen hinausgehen können, und auch Affymetrix GeneChip HG-U133 Plus2.0 Oligoarrays für die Genexpressionsprofilierung. ERGEBNISSE: Durch die Analyse von DNA, die aus 30 chRCCs und 42 ROs extrahiert wurde, haben wir die hohe Spezifität von Monosomien der Chromosomen 1, 2, 6, 10, 13, 17 und 21 in 70-93% der chRCCs bestätigt, während ROs in 24% bzw. 5% der Fälle den Verlust der Chromosomen 1 und 14 zeigten. Wir haben demonstriert, dass chromosomale Genexpressionsverzerrungen mit chromosomalen Abnormalitäten in chromophoben RCCs und ROs korrelieren könnten. Die überwiegende Mehrheit der in chromophoben RCCs herunterregulierten Gene wurde auf die Chromosomen 2, 6, 10, 13 und 17 abgebildet. Allerdings waren die meisten der in chromophoben RCCs überexprimierten Gene auf Chromosomen ohne Änderungen der Kopienzahl lokalisiert, was auf eine transkriptionale Regulation als Hauptereignis hinweist. SCHLUSSFOLGERUNG: Die SNP-Array-Analyse konnte keine wiederkehrenden kleinen Deletionen nachweisen, die Loci von Genen markieren könnten, die an der Tumorentwicklung beteiligt sind. Wir haben jedoch den Verlust der Chromosomen 2, 10, 13, 17 und 21 als diskriminierende Änderung zwischen chromophoben RCCs und ROs identifiziert. Daher kann die Erkennung dieser chromosomalen Veränderungen für die genaue Diagnose in der routinemäßigen Histologie verwendet werden.