ADAPTSITE: Nachweis von natürlicher Selektion an einzelnen Aminosäurestellen

UNBEZEICHNET: ADAPTSITE ist ein Programmpaket zur Erkennung natürlicher Selektion an einzelnen Aminosäurestellen, das eine multiple Ausrichtung von protein-kodierenden Sequenzen für einen gegebenen phylogenetischen Baum verwendet. Das Programm leitet die Vorfahren-Codons an allen inneren Knoten ab und berechnet die Gesamtanzahl der synonymen (c(S)) und nicht-synonymen (c(N)) Substitutionen sowie die durchschnittliche Anzahl der synonymen (s(S)) und nicht-synonymen (s(N)) Stellen für jede Codon-Stelle. Die Wahrscheinlichkeiten für das Auftreten von synonymen und nicht-synonymen Substitutionen werden durch s(S) / (s(S) + s(N)) und s(N) / (s(S) + s(N)) approximiert. Die Nullhypothese der selektiven Neutralität wird für jede Codon-Stelle getestet, wobei eine binomiale Verteilung für die Wahrscheinlichkeit des Erhalts von c(S) und c(N) angenommen wird. VERFÜGBARKEIT: ADAPTSITE ist kostenlos auf den Webseiten http://mep.bio.psu.edu/adaptivevol.html und http://www.cib.nig.ac.jp/dda/yossuzuk/welcome.html verfügbar. Das Paket enthält den Quellcode, der in C geschrieben ist, Binärdateien für UNIX-Betriebssysteme, ein Handbuch und Beispieldateien.