AnimalTFDB 2.0: eine Ressource für Ausdruck, Vorhersage und funktionale Studien von Tiertranskriptionsfaktoren

Transkriptionsfaktoren (TFs) sind Schlüsselregulatoren für die Genexpression. Hier haben wir die Tier-TF-Datenbank AnimalTFDB auf Version 2.0 (http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/) aktualisiert. Mit der verbesserten Vorhersagepipeline identifizierten wir 72.336 TF-Gene, 21.053 Transkriptionsko-Faktor-Gene und 6.502 Gene für Chromatin-Remodeling-Faktoren aus 65 Arten, die die wichtigsten tierischen Linien abdecken. Neben den umfangreichen Anmerkungen (Basisinformationen, Genmodell, funktionaler Bereich des Proteins, Genontologie, Weg, Proteininteraktion, Orthologe und Paralog, usw.) in der vorherigen Version, haben wir mehrere neue Merkmale und Funktionen in der aktualisierten Version hinzugefügt. Diese neuen Funktionen sind: (i) Genexpression aus RNA-Seq für neun Modellspezies, (ii) Genphänotypinformationen, (iii) multiple Sequenzanpassung von TF-DNA-Bindungsdomänen sowie das Weblogo und den phylogenetischen Baum basierend auf der Anpassung, (iv) einen TF-Vorhersageserver zur Identifizierung neuer TFs aus Eingabesequenzen und (v) einen BLAST-Server, um gegen TFs in AnimalTFDB zu suchen. Eine neue ansprechende Weboberfläche wurde für AnimalTFDB 2.0 entworfen, die es den Nutzern ermöglicht, alle Daten in der Datenbank zu durchsuchen und zu suchen. Wir möchten die AnimalTFDB als eine solide Ressource für die Identifizierung von TFs und Studien zur Transkriptionsregulation und vergleichenden Genomik erhalten.