Proteom-Analyse von Niedrig-abundance-Proteinen mit multidimensionaler Chromatographie und Isotop-codierten Affinitätsmarkern

Die Effektivität der proteomweiten Proteinidentifizierung und quantitativen Expressionsprofilierung hängt von der Fähigkeit der angewandten analytischen Methoden ab, routinemäßig Informationen über Niedrig-abundance-Proteine zu erhalten, da diese häufig eine große biologische Bedeutung haben. Die zwei-dimensionale Gelelektrophorese, die traditionelle Methode zur Proteomanalyse, hat sich als voreingenommen gegenüber stark exprimierten Proteinen erwiesen. Kürzlich wurde die zwei-dimensionale Chromatographie der komplexen Peptidmischungen, die durch die Verdauung nicht-getrennter Proteinproben erzeugt werden, eingeführt, um ihre Komponenten zu identifizieren, und isotop-codierte Affinitätsmarker (ICAT) wurden eingeführt, um eine genaue Quantifizierung der Komponenten von Proteinmischungen durch Massenspektrometrie zu ermöglichen. Hier zeigen wir, dass die Kombination aus isotop-codierten Affinitätsmarkern und multidimensionaler Chromatographie/Massenspektrometrie von tryptischen Peptidmischungen in der Lage ist, Niedrig-abundance-Proteine in komplexen Proben zu detektieren und zu quantifizieren.