Verbesserungen der ARTIC Multiplex-PCR-Methode zur Genome-Sequenzierung von SARS-CoV-2 unter Verwendung von Nanoporen

Die Genome-Sequenzierung wurde weit verbreitet, um die Evolution von SARS-CoV-2 zu studieren, wobei mehr als 90.000 Genome in die GISAID-Datenbank hochgeladen wurden. Wir veröffentlichten am 22. Januar 2020 eine Methode zur Genome-Sequenzierung von SARS-CoV-2 (https://www.protocols.io/view/ncov-2019-sequencing-protocol-bbmuik6w) online. Dieser Ansatz hat sich aufgrund seiner Einfachheit und Kosteneffektivität schnell zur beliebtesten Methode für die Sequenzierung von SARS-CoV-2 entwickelt. Hier präsentieren wir Verbesserungen des ursprünglichen Protokolls: i) ein aktualisiertes Primer-Schema mit 22 zusätzlichen Primern zur Verbesserung der Genome-Abdeckung, ii) einen rationalisierten Workflow zur Bibliotheksvorbereitung, der die Demultiplex-Rate für bis zu 96 Proben verbessert und die Hands-on-Zeit um mehrere Stunden reduziert und iii) Kosteneinsparungen, die die Reagenzkosten auf 10 £ pro Probe senken, sodass es für einzelne Labore praktikabel wird, Tausende von SARS-CoV-2-Genomen zu sequenzieren, um nationale und internationale genomische Epidemiologie-Anstrengungen zu unterstützen.