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ZUSAMMENFASSUNG: Angesichts der Positionen von protein-kodierenden Genen entlang der genomischen Sequenz und der Wahrscheinlichkeitswerte für Protein-Ausrichtungen zwischen Genen identifiziert DAGchainer Ketten von Genpaaren, die eine bewahrte Reihenfolge zwischen genomischen Regionen teilen, indem es Pfade durch einen gerichteten azyklischen Graphen (DAG) identifiziert. Diese Ketten collinearer Genpaare können segmental duplizierte Regionen und Gene innerhalb eines einzelnen Genoms oder syntene Regionen zwischen verwandten Genomen darstellen. Die automatisierte Analyse des Arabidopsis-Genoms auf segmentale Duplikationen veranschaulicht die Verwendung von DAGchainer.
Haas et al. (Fri,) haben diese Frage untersucht.
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