Erweiterte Peptidmassenfingerabdruck durch hohe Massengenauigkeit: Ausschluss von Nicht-Peptidsignalen basierend auf Restmasse

Peptidmassenfingerabdruck (PMF) zählt zu den Hauptmethoden der zeitgenössischen proteomischen Analyse. Obwohl PMF routinemäßig in vielen Laboren praktiziert wird, ist die Komplexität von proteolytischen Tryptic-Digests so, dass PMF, das auf unrefinierten massenspektrometrischen Peaklisten basiert, oft unklar ist. Eine Reihe von Datenverarbeitungsstrategien wurde daher entwickelt, um die Qualität von PMF-Peaklisten zu verbessern, und die Entwicklung immer ausgeklügelterer Werkzeuge zur PMF-Datenreduktion bleibt ein aktives Forschungsfeld. In diesem Bericht wird ein neuartiges und direktes Mittel zur Verbesserung von PMF-Peaklisten vorgeschlagen. Da die monoisotopische Masse eines Peptids innerhalb eines vorhersehbaren Bereichs von Restwerten liegen muss, können PMF-Peaklisten prinzipiell von vielen Nicht-Peptidsignalen allein auf der Grundlage genau bestimmter monoisotopischer Massen befreit werden. Die damit verbundenen Berechnungen sind relativ einfach, was die Implementierung dieses Schemas rechnerisch leicht macht. Als dieses Verfahren zur Verarbeitung der Peakliste verwendet wurde, wurde die große Anzahl unzugeordneter Massen, die typischerweise in PMF-Peaklisten vorkommen, erheblich reduziert. Infolgedessen konnten Proteinidentifikationen mit größerem Vertrauen und verbesserter Diskriminierung im Vergleich zu PMF-Abfragen auf Basis roher Peaklisten vorgenommen werden. Wichtig ist, dass dieses Schema zum Entfernen von Nicht-Peptidmassen dazu fand, Peptide mit verschiedenen posttranslationalen und künstlichen Modifikationen zu erhalten. Alle hier diskutierten PMF-Experimente wurden mithilfe der Fourieranalyse-Ionenzyklotronresonanz-Massenspektrometrie (FTICR-MS) durchgeführt, die die hohe Masseauflösung und hohe Massengenauigkeit bietet, die für diese Anwendung unerlässlich sind. Zuvor berichtete Gleichungen, die die nominale Peptidmassen mit dem zulässigen Bereich von fraktionalen Peptidmassen in Beziehung setzen, wurden für diese Anwendung leicht modifiziert, und diese Anpassungen wurden im Detail dargestellt. Die Rolle der Massengenauigkeit bei der Anwendung dieses Schemas wurde ebenfalls untersucht. Schlüsselwörter: Peptidmassenfingerabdruck • Peptidrestmasse • matrixunterstützte Laserdesorption/Ionisation • Fourieranalyse-Ionenzyklotronresonanz-Massenspektrometrie