Metab: ein R-Paket zur Hochdurchsatzanalyse von Metabolomdaten, die durch GC-MS erzeugt wurden

MOTIVATION: Das Automated Mass Spectral Deconvolution and Identification System (AMDIS) ist eine Freeware, die in der Metabolomforschung umfassend angewendet wird. Allerdings erfordern Datensätze, die mit AMDIS verarbeitet wurden, umfangreiche Datenkorrekturen, Filterungen und Umgestaltungen, um zuverlässige Datensätze für weitere nachgelagerte Analysen zu erstellen. Manuell durchgeführt sind diese Prozesse mühsam und äußerst zeitaufwendig. Darüber hinaus erhöhen manuelle Korrekturen die Wahrscheinlichkeit menschlicher Fehler und können zusätzliche technische Variabilität in die Daten einführen. Daher wird dringend eine automatisierte Pipeline zur Kuratierung von GC-MS-Daten benötigt. ERGEBNISSE: Wir präsentieren das Metab R-Paket, das entwickelt wurde, um die Pipeline für die Analyse von Metabolomics-GC-MS-Datensätzen, die mit AMDIS verarbeitet wurden, zu automatisieren. VERFÜGBARKEIT: Das Metab-Paket, die AMDIS-Bibliothek und die Referenz-Ionenbibliothek sind verfügbar unter www.metabolomics.auckland.ac.nz/index.php/downloads. KONTAKT: k.ruggiero@auckland.ac.nz.