Bau einer ultradichten genetischen Rekombinationskarte mit 10.000 Markern von Kartoffeln: Bereitstellung eines Rahmens für die beschleunigte Genisolierung und eine genomweite physikalische Karte

Eine ultradichte genetische Verknüpfungskarte mit über 10.000 AFLP-Loci wurde aus einer heterozygoten diploiden Kartoffelpopulation erstellt. Soweit uns bekannt ist, ist dies die dichteste meiotische Rekombinationskarte, die je erstellt wurde. Ein schneller Algorithmus zur Markerordnung wurde verwendet, basierend auf der Minimierung der Gesamtzahl von Rekombinationsevents innerhalb einer gegebenen Markerordnung in Kombination mit Software zur Fehlererkennung bei der Genotypisierung. Dies führte zu "Skelett-Bin-Karten", die als die sparsamste Markerordnung betrachtet werden können. Die Einheit für den Abstand wird nicht in Zentimorgans, sondern in "Bins" ausgedrückt. Ein Bin ist eine Position auf der genetischen Karte mit einem einzigartigen Segregationsmuster, das von benachbarten Bins durch ein einzelnes Rekombinationsevent getrennt ist. Vermutliche Zentromere wurden durch eine starke Clusterbildung von Markern identifiziert, wahrscheinlich aufgrund kalter Punkte für Rekombination. Im Gegensatz dazu führten Rekombinations-Hotspots zu großen Intervallen von bis zu 15 cM ohne Marker. Der aktuelle Stand der Markersättigung deutet darauf hin, dass die Markerdichte proportional zur physikalischen Distanz und unabhängig von der Rekombinationshäufigkeit ist. Die meisten Chromatiden (92%) rekombinierten einmal oder nicht, was auf eine starke Chiasma-Interferenz hinweist. Absolute Chiasma-Interferenz innerhalb eines Chromosomenarms konnte nicht nachgewiesen werden. Zwei Beispiele für die Kontig-Erstellung und die kartenbasierte Klonierung haben gezeigt, dass der Markerspacing mit der erwarteten physikalischen Distanz übereinstimmte: ungefähr einen Marker pro BAC-Länge. Derzeit werden die Marker für die genetische Verankerung einer physikalischen Karte von Kartoffeln verwendet, um einen sequenzbereiten minimalen Tiling-Pfad von BAC-Kontigen spezifischer chromosomaler Regionen für das Kartoffelgenomsequenzierungskonsortium bereitzustellen (http://www.potatogenome.net).