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Zusammenfassung GenomeScope ist ein Open-Source-Webtool zur schnellen Schätzung der allgemeinen Eigenschaften eines Genoms, einschließlich Genomgröße, Heterozygotie-Rate und Wiederholungsinhalt aus unverarbeiteten kurzen Reads. Diese Merkmale sind entscheidend für das Studium der Genom-Evolution und helfen, Parameter für nachgelagerte Analysen auszuwählen. Wir demonstrieren die Genauigkeit an 324 simulierten und 16 realen Datensätzen mit einer breiten Spanne an Genomgrößen, Heterozygotie-Niveaus und Fehlerraten. Verfügbarkeit und Implementierung http://genomescope.org , https://github.com/schatzlab/genomescope.git Kontakt mschatz@jhu.edu . Ergänzende Informationen Ergänzende Daten sind online unter Bioinformatics verfügbar.
Vurture et al. (Mon,) haben diese Frage untersucht.