RDML-Ninja und RDMLdb für den standardisierten Austausch von qPCR-Daten

HINTERGRUND: Das universelle Austauschdateiformat für qPCR-Daten RDML wird heute von der wissenschaftlichen Gemeinschaft gut akzeptiert, ist Teil der MIQE-Richtlinien und in vielen qPCR-Geräten implementiert. Mit der zunehmenden Nutzung von RDML treten neue Herausforderungen auf. Die Flexibilität des RDML-Formats führte zu einigen Implementierungen, die die Erwartungen des Konsortiums hinsichtlich des Unterstützungsniveaus oder der Nutzung von Elementen nicht erfüllten. ERGEBNISSE: In der aktuellen RDML-Version 1.2 wurde die Beschreibung der Elemente präzisiert. Der Open-Source-Editor RDML-Ninja wurde veröffentlicht (http://sourceforge.net/projects/qpcr-ninja/). RDML-Ninja ermöglicht die Visualisierung, Bearbeitung und Validierung von RDML-Dateien und klärt somit die Verwendung von RDML-Elementen. Darüber hinaus dient RDML-Ninja als Referenzimplementierung für RDML und ermöglicht die Migration zwischen RDML-Versionen unabhängig von der Instrumenten-Software. Die Datenbank RDMLdb wird als Online-Repository für RDML-Dateien dienen und den Austausch von RDML-Daten erleichtern (http://www.rdmldb.org). Autoren können ihre RDML-Dateien hochladen und diese in Veröffentlichungen mit der einzigartigen Kennung, die von RDMLdb bereitgestellt wird, referenzieren. Die MIQE-Richtlinien schlagen einen reichen Informationssatz vor, der erforderlich ist, um jeden qPCR-Lauf zu dokumentieren. RDML bietet das Mittel, diese Informationen zu speichern und zu verwalten, und die aktuelle Entwicklung zielt auf eine weitere Integration der MIQE-Anforderungen in das RDML-Format ab. SCHLUSSFOLGERUNGEN: Der Editor RDML-Ninja und die Datenbank RDMLdb ermöglichen es Wissenschaftlern, qPCR-Daten im instrumentenunabhängigen RDML-Format zu bewerten und auszutauschen. Wir sind zuversichtlich, dass diese Infrastruktur die Grundlage für einen standardisierten Austausch von qPCR-Daten unter Wissenschaftlern, Forschungsgruppen und während der Veröffentlichung bilden wird.