Analyse der Qualität der Gene Ontology-Anmerkung in Modell-Eukaryoten

Die funktionale Analyse mit der Gene Ontology (GO) ist entscheidend für die Analyse von Arrays, aber es ist für Forscher oft schwierig, die Menge und Qualität der mit verschiedenen Genprodukten verbundenen GO-Anmerkungen zu bewerten. In vielen Fällen ist die Quelle der GO-Anmerkungen und das Datum, an dem die GO-Anmerkungen zuletzt aktualisiert wurden, nicht ersichtlich, was die Fähigkeit der Forscher, die Qualität der bereitgestellten GO-Daten zu bewerten, weiter erschwert. Darüber hinaus müssen GO-Biokurator:innen sicherstellen, dass die GO-Qualität erhalten bleibt und für die funktionalen Prozesse optimal ist, die für ihre Forschungscommunity am relevantesten sind. Wir berichten über den GO Annotation Quality (GAQ)-Score, eine quantitative Maßzahl für die GO-Qualität, die die Breite der GO-Anmerkung, die Detailliertheit der Anmerkung und die Art der verwendeten Evidenz zur Erstellung der Anmerkung umfasst. Als Fallstudie wenden wir die GAQ-Bewertungsmethode auf eine Reihe vielfältiger Eukaryoten an und demonstrieren, wie der GAQ-Score verwendet werden kann, um Veränderungen in den GO-Anmerkungen im Laufe der Zeit zu verfolgen und die Qualität der für spezifische biologische Prozesse verfügbaren GO-Anmerkungen zu bewerten. Der GAQ-Score ermöglicht es Forschern auch, die funktionalen Daten, die für ihre experimentellen Systeme (Arrays oder Datenbanken) verfügbar sind, quantitativ zu bewerten.