FlopR: Un paquete de software de código abierto para la calibración y normalización de datos de lectores de placas y citometría de flujo

La medición de la expresión génica utilizando marcadores de fluorescencia ha sido un pilar de la biología sintética durante las últimas dos décadas. Sin embargo, el uso de unidades arbitrarias ha limitado la utilidad de estos datos para muchos propósitos cuantitativos. La calibración de mediciones de fluorescencia obtenidas de citometría de flujo y espectrofotometría de lectores de placas se ha implementado anteriormente, pero las herramientas son desarticuladas. Aquí reunimos, y en algunos casos mejoramos, métodos existentes en una única herramienta de software, escrita como un paquete en el marco estadístico R. El flujo de trabajo se valida utilizando Escherichia coli modificada para expresar proteína fluorescente verde (GFP) a partir de un conjunto de promotores constitutivos comúnmente utilizados. Luego demostramos el poder del paquete al identificar la evolución temporal de distintas subpoblaciones de bacterias a partir de datos de lectores de placas masivos, una tarea que anteriormente dependía de laboriosos experimentos de citometría de flujo o conteo de colonias. Junto con partes estandarizadas y métodos experimentales, el desarrollo y la difusión de herramientas utilizables para la medición cuantitativa y el análisis de datos beneficiará a la comunidad de biología sintética mejorando la interoperabilidad.