FlopR: Um Pacote de Software de Código Aberto para Calibração e Normalização de Dados de Leitor de Placa e Citometria de Fluxo

A medição da expressão gênica usando marcadores de fluorescência tem sido uma pedra angular da biologia sintética nas últimas duas décadas. No entanto, o uso de unidades arbitrárias limitou a utilidade desses dados para muitos propósitos quantitativos. A calibração das medições de fluorescência da citometria de fluxo e da espectrofotometria de leitor de placa foi implementada anteriormente, mas as ferramentas são desconexas. Aqui, reunimos, e em alguns casos melhoramos, métodos existentes em uma única ferramenta de software, escrita como um pacote na estrutura estatística R. O fluxo de trabalho é validado usando Escherichia coli geneticamente modificada para expressar proteína verde fluorescente (GFP) a partir de um conjunto de promotores constitutivos comumente usados. Em seguida, demonstramos o poder do pacote identificando a evolução temporal de subpopulações distintas de bactérias a partir de dados de leitor de placa em massa, uma tarefa anteriormente dependente de experimentos trabalhosos de citometria de fluxo ou contagem de colônias. Juntamente com partes padronizadas e métodos experimentais, o desenvolvimento e a disseminação de ferramentas utilizáveis para medição quantitativa e análise de dados beneficiarão a comunidade de biologia sintética, melhorando a interoperabilidade.