PDBML: la representación de datos de estructuras macromoleculares de archivo en XML

Resumen del abstract: El Banco de Datos de Proteínas (PDB) ha publicado recientemente versiones del diccionario de intercambio PDB y de los archivos de datos archivados PDB en formato XML, denominados colectivamente PDBML. La generación automática de estos archivos XML se basa en la infraestructura del diccionario de datos en uso en el PDB. Se describen las correspondencias entre el diccionario PDB y los metadatos del esquema XML, así como las representaciones XML de los diccionarios y archivos de datos PDB. Disponibilidad: El archivo del esquema XML traducido por el software actual se encuentra en http://deposit.pdb.org/pdbML/pdbx-v1.000.xsd, y en la página de recursos mmCIF del PDB en http://deposit.pdb.org/mmcif/. Los archivos PDBML se almacenan en el sitio ftp beta del PDB en ftp://beta.rcsb.org/pub/pdb/uniformity/data/XML. Contacto: jwest@rcsb.rutgers.edu