Ce protocole décrit un flux de travail complet pour l'analyse des métabolites intracellulaires à partir de cultures microbiennes. Il commence par le quenching rapide et l'extraction des métabolites à l'aide d'un mélange de solvants froids d'acétonitrile, de méthanol et d'eau (2:2:1, v/v/v) pour préserver l'intégrité des métabolites. Après l'analyse LC-MS, les données brutes sont traitées dans El-MAVEN pour une détection et un alignement précis des pics. La dernière étape implique la quantification absolue des métabolites via un script basé sur Python qui utilise des courbes de calibration externes. Pour les composés manquant de standards externes, le protocole inclut également une analyse exploratoire des données, comme la génération de cartes thermiques ou de graphiques linéaires, pour visualiser la dynamique des métabolites à travers les conditions expérimentales. Cette approche permet une quantification à haut débit ainsi qu'une exploration qualitative à travers de grands ensembles d'échantillons.
Sharma et al. (Sun,) ont étudié cette question.