Les interactions supramoléculaires modulent le repliement de l'ARN : ADN observé via la détection par nanopore

Résumé La nanotechnologie de l'ADN et de l'ARN permet l'assemblage précis d'architectures moléculaires, avec des applications en bio-ingénierie, chimie supramoléculaire et détection. Les propriétés matérielles de ces biopolymères peuvent être ajustées de manière covalente ou, plus simplement, par le biais d'interactions non covalentes avec de petites molécules. Dans cette étude, nous démontrons l'utilisation de l'urée, une petite molécule abondante et peu coûteuse, pour moduler la rigidité des nanostructures hybrides ARN : ADN. Nos résultats suggèrent que les interactions supramoléculaires entre l'urée et l'hélice de type A rigidifient les polymères hybrides, comme en témoignent à la fois les mesures par nanopore dans l'état solide et la microscopie à force atomique. La détection par nanopore révèle que la préparation d'hybrides ARN : ADN marqués topologiquement dans de l'urée entraîne une réduction de 50 % des translocations repliées. Cette diminution des événements repliés améliore la proportion de points de données utilisables, ouvrant la voie à la détection robuste d'analytes d'ARN à faible abondance au niveau de la molécule unique.