Quantification absolue de la formation et de la résuscitation de l'état VBNC chez Klebsiella pneumoniae producteur d'alcool

Introduction Beaucoup d'espèces bactériennes dans l'état viable mais non cultivable (VBNC) présentent un risque considérable pour la santé publique, principalement en raison de leur capacité à persister et à se résusciter dans l'environnement et de leur capacité accrue à échapper à la détection. Nos recherches ont révélé que Klebsiella pneumoniae producteur d'alcool en haute quantité (HiAlc Kpn) pourrait provoquer une stéatose hépatique non alcoolique. Notamment, HiAlc Kpn est présent dans le microbiome intestinal, et tracer les pathogènes dans des échantillons intestinaux nécessite d'identifier et de quantifier les cellules viables. Méthodes Pour une quantification précise, nous avons optimisé la concentration de PMA entre 5 μM et 200 μM et ajusté le temps d'incubation de 5 à 30 minutes. Par la suite, nous avons établi des méthodes de PCR en temps réel quantitative (qPCR) et de PCR numérique par gouttelettes (ddPCR) pour compter les cellules viables de HiAlc Kpn. Résultats Ces méthodes ont produit des comptages méthodologiquement et techniquement comparables en utilisant KP, rpoB et adhE. Dans les échantillons fécaux de souris, nous avons observé des réductions d'activité allant de 1,13 à 0,64 log 10 copies d'ADN/mL. Il est intéressant de noter que la ciprofloxacine a inhibé la récupération des cellules de l'état VBNC tout en maintenant la résuscitation et la production d'éthanol après l'élimination des antibiotiques dans HiAlc Kpn, et nous avons quantifié le nombre de cellules viables directement par PMA-ddPCR. C'est une méthode de quantification directe qui ne nécessite pas de référence de courbe standard externe. Discussion C'est une méthode de quantification directe qui ne nécessite pas de référence de courbe standard externe. Cette méthode pourrait être un outil innovant pour quantifier les cellules viables de K. pneumoniae, avec des applications potentielles dans la quantification des cellules bactériennes dans l'état VBNC, la résuscitation et l'évaluation de la persistance des pathogènes dans les échantillons cliniques.