Comparaison de deux méthodes de détection de Huanglongbing dans des échantillons avec des niveaux de gravité des symptômes différents

Le Huanglongbing ou le verdissement des agrumes en Asie causé par le pathogène Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas) est l'une des maladies d'agrumes les plus dévastatrices au monde. Cette maladie est l'une des causes de la diminution de la production d'agrumes en Indonésie. Les symptômes du Huanglongbing dans les plantes d'agrumes sur le terrain et dans les serres présentent différents niveaux de gravité. Cette étude a été menée pour détecter le CLas dans plusieurs types d'échantillons basés sur les symptômes des feuilles en utilisant la PCR conventionnelle et la PCR en temps réel (qPCR). Trois paires de primaires ont été utilisées dans cette étude, une paire de Las606/LSS pour la PCR conventionnelle et deux paires pour la qPCR, à savoir Las931/LSS et Lj900F/Lj900R. Les résultats ont montré que le marbré est le symptôme de Huanglongbing le plus facilement détecté et que l'on trouve sur le terrain et dans les serres. La paire de primaires Lj900F/Lj900R est plus adaptée à la détection des pathogènes CLas en utilisant la qPCR que Las606/LSS en fonction de la courbe de fusion et de la valeur Ct qui apparaissent. La détection par qPCR est plus précise et sensible même avec des concentrations d'ADN plus faibles. La limite inférieure de la valeur Ct des échantillons de feuilles saines est de 34,08. Les feuilles d'agrumes sont considérées comme positives si la valeur Ct est inférieure à 34,08. La valeur Ct basée sur la gravité ou le score entre les feuilles symptomatiques de HLB du champ et de la serre a montré une différence significative, c'est-à-dire que la valeur Ct des échantillons symptomatiques du champ était inférieure à celle des échantillons de serre.