Assemblage et annotation à l'échelle chromosomique de huit écotypes d'Arabidopsis thaliana

La plante Arabidopsis thaliana est un système modèle utilisé par les chercheurs dans une grande partie de la recherche sur les plantes. Les efforts récents se sont concentrés sur la découverte de la variation génomique trouvée dans des écotypes naturellement présents isolés à travers le monde. Ces écotypes proviennent de climats divers et ont donc été confrontés et se sont adaptés à une variété de stress abiotiques et biotiques. Le séquençage et l'analyse comparative de ces génomes peuvent offrir un aperçu des stratégies d'adaptation des plantes. Bien qu'il existe un grand nombre de séquences de génomes d'écotypes disponibles, la majorité a été créée en utilisant la technologie de lecture courte. Le mappage de courtes lectures contenant des variations structurelles à un génome de référence dépourvu de cette variation conduit à un mappage incorrect de ces lectures, entraînant une perte d'information génétique et l'introduction de fausse hétérozygotie. Pour cette raison, un séquençage de novo à lecture longue des génomes est nécessaire pour résoudre les événements de variation structurelle. Dans cet article, nous avons séquencé les génomes de huit variantes naturelles d'A. thaliana en utilisant le séquençage par nanopores. Cela a abouti à des assemblages hautement contigus avec >95% du génome contenus dans cinq contigs. Les résultats de séquençage de cette étude incluent cinq écotypes provenant de populations relictes et africaines, une zone de diversité génétique inexploitées. Avec cette étude, nous augmentons la connaissance de la diversité que nous avons à travers les écotypes d'A. thaliana et contribuons à la production en cours d'un pan-génome d'A. thaliana.