eRNA-IDO : Une plateforme tout-en-un pour l'identification, la découverte d'interactomes et l'annotation fonctionnelle des ARN enhancers

Résumé : Des preuves croissantes appuient la transcription des ARN enhancers (eRNAs) et leur rôle important dans la régulation des gènes. Cependant, leurs interactions avec d'autres biomolécules et leur fonctionnalité correspondante restent mal comprises. Dans une tentative de faciliter la recherche mécaniste, cette étude présente eRNA-IDO, la première plateforme computationnelle intégrative pour l'identification, la découverte d'interactomes et l'annotation fonctionnelle des eRNAs humains. eRNA-IDO se compose de deux modules : eRNA-ID et eRNA-Anno. Fonctionnellement, eRNA-ID peut identifier les eRNAs à partir de transcriptomes assemblés de novo. eRNA-ID inclut huit types de marqueurs d’enhancers, permettant aux utilisateurs de personnaliser les régions enhancers de manière flexible et pratique. De plus, eRNA-Anno fournit une annotation fonctionnelle spécifique aux cellules/tissus pour les eRNAs nouveaux et connus en analysant l'interactome des eRNAs à partir de réseaux préconstruits ou définis par l'utilisateur entre les eRNAs et les gènes codant des protéines. Les réseaux préconstruits incluent les réseaux de co-expression basés sur le Genotype-Tissue Expression (GTEx) dans les tissus normaux, les réseaux de co-expression basés sur le Cancer Genome Atlas (TCGA) dans les tissus cancéreux et les réseaux régulateurs centrés sur les eRNAs basés sur les omiques. eRNA-IDO peut faciliter la recherche sur la biogenèse et les fonctions des eRNAs. Le serveur eRNA-IDO est disponible gratuitement à l'adresse http: //bioinfo. szbl. ac. cn/eRNAIDO/.