Données d'une ressource d'informatique protéogénomique accessible pour les chercheurs en cancer

RésuméLa protéogénomique a émergé comme une approche précieuse dans la recherche sur le cancer, intégrant des données génomiques et transcriptomiques avec des données de protéomique basées sur la spectrométrie de masse pour identifier directement les séquences protéiques exprimées et variant qui peuvent avoir des rôles fonctionnels dans le cancer. Cette approche est computationnellement intensive, nécessitant l'intégration d'outils logiciels disparates dans des flux de travail sophistiqués, ce qui rend son adoption difficile par des scientifiques de paillasse non experts. Pour répondre à ce besoin, nous avons développé une ressource extensible basée sur Galaxy visant à fournir à un plus grand nombre de chercheurs l'accès à, ainsi que la formation en, informatique protéogénomique. Notre ressource regroupe des logiciels provenant de plusieurs groupes de recherche leaders pour traiter deux aspects fondamentaux de la protéogénomique : (i) génération de bases de données de séquences protéiques personnalisées et annotées à partir de données RNA-Seq ; et (ii) correspondance précise des données de spectrométrie de masse en tandem avec les variantes putatives, suivie d'un filtrage pour confirmer leur nouveauté. Les directives pour accéder aux outils logiciels et aux flux de travail, ainsi que la documentation d'instruction, peuvent être trouvées sur z.umn.edu/canresgithub. Cancer Res ; 77(21) ; e43–46. ©2017 AACR.