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Le microbiome intestinal des animaux sauvages est soumis à diverses influences environnementales, y compris celles associées aux modifications de l'environnement induites par l'homme. Nous avons étudié comment le microbiote intestinal d'une espèce de rongeur synurbique, la souris des champs rayée (Apodemus agrarius), change dans des villes de tailles variées, cherchant la signature du microbiote urbain pour cette espèce. Des échantillons fécaux pour analyse ont été collectés chez des animaux vivant dans des zones non urbanisées et des espaces verts de villes de différentes tailles (Pologne). Des séquençages du gène 16S rRNA en métagénomique et d'autres analyses bioinformatiques ont été réalisés. Des différences significatives dans la composition des microbiomes intestinaux parmi les populations étudiées ont été trouvées. Cependant, les changements observés dépendaient des conditions d'habitat locales, sans preuve forte d'une corrélation avec la taille de la zone urbanisée. Les résultats suggèrent que le détachement écologique d'un environnement non urbain plus naturel ne conduit pas automatiquement au développement d'un modèle de "microbiote urbain" chez le rongeur étudié. L'exposition à l'environnement naturel dans les espaces verts peut servir de catalyseur pour les transformations du microbiome, fournissant une contribution auparavant sous-estimée à la maintenance des communautés microbiennes intestinales natives chez les mammifères urbains.
Łopucki et al. (Fri,) ont étudié cette question.