Résoudre le problème omniprésent de la non-conformité aux protocoles en IRM à l'aide d'un outil open-source mrQA

La compilation de données provenant de différentes sources acquises par des consortiums multisites nécessite le respect d'un protocole de référence prédéfini, c'est-à-dire s'assurer que différents sites et scanners pour un projet donné ont utilisé des valeurs de paramètres physiques RM identiques ou compatibles. Traditionnellement, cela a été un processus ardu et manuel en raison des difficultés liées à la norme DICOM complexe et au manque de ressources allouées à la conformité des protocoles. De plus, les problèmes de conformité aux protocoles sont souvent négligés par manque de réalisation que les valeurs des paramètres sont souvent improvisées/modifiées localement dans divers sites. Les incohérences dans les protocoles d'acquisition peuvent réduire le SNR, la puissance statistique, et dans le pire des cas, peuvent invalider les résultats dans leur ensemble. Un outil open-source, mrQA, a été développé pour évaluer automatiquement la conformité des protocoles sur des formats de jeux de données standard tels que DICOM et BIDS, et pour étudier les patterns de non-conformité dans plus de 20 ensembles de données de neuroimagerie ouverts, y compris la grande étude ABCD. Les résultats démontrent que le manque de conformité est plutôt omniprésent. Les sources fréquentes de non-conformité comprennent, mais ne se limitent pas à des écarts dans le Temps de Répétition, le Temps d'Écho, l'Angle de Basculement et la Direction d'Encodage de Phase. Il a également été observé que les scanners GE et Philips présentaient des taux de non-conformité plus élevés par rapport aux scanners Siemens dans l'ensemble de données ABCD. Une surveillance continue de la conformité au protocole est fortement recommandée avant tout pré/post-traitement, idéalement juste après l'acquisition, afin d'éviter la propagation silencieuse de problèmes graves/subtils. Bien que cette étude se concentre sur des ensembles de données de neuroimagerie, l'outil proposé mrQA peut fonctionner avec n'importe quel ensemble de données basé sur DICOM.