Prévalence des espèces, gènes de virulence et résistance aux antibiotiques des entérocoques provenant d'animaux producteurs d'aliments dans un abattoir en Turquie

Résumé Les bovins, ovins et caprins en bonne santé peuvent être des réservoirs d'entérocoques fécaux pathogènes gastro-intestinaux, dont certains pourraient être multirésistants aux antimicrobiens. L'objectif de cette étude était de déterminer la prévalence et la diversité des espèces d'Enterococcus dans des carcasses de moutons, de chèvres et de bovins en bonne santé, ainsi que d'analyser le phénotype/génotype de résistance antimicrobienne et le contenu en gènes de virulence. Au cours de 2019-2020, des échantillons de surface de carcasses ont été recueillis auprès de 150 ruminants dans un abattoir. Un total de 90 entérocoques, comprenant cinq espèces, ont été obtenus. La prévalence globale des entérocoques s'est révélée être de 60 %, dont 37,7 % ont été identifiés comme Enterococcus (E.) hirae, 33,3 % comme E. casseliflavus, 15,5 % comme E. faecium, 12,2 % comme E. faecalis et 1,1 % comme E. gallinarum. Des gènes associés à la virulence comme efaA (12,2 %) ont été couramment observés dans les isolats d'Enterococcus, suivis de gelE (3,3 %), asaI (3,3 %) et ace (2,2 %). Une forte résistance à la quinupristine-dalfopristine (28,8 %), tétracycline (21,1 %), ampicilline (20 %) et rifampicine (15,5 %) a été trouvée dans deux, quatre, quatre et cinq des groupes d'espèces d'Enterococcus, respectivement. La résistance des isolats d'Enterococcus à 11 groupes d'antibiotiques a été déterminée et des souches multirésistantes (MDR) ont été trouvées dans 18,8 % des isolats d'Enterococcus. Des gènes de résistance caractéristiques ont été identifiés par PCR avec une incidence de 6,6 %, 2,2 %, 1,1 %, 1,1 %, 1,1 % et 1,1 % pour les gènes tetM, ermB, ermA, aac(6ʹ)Ie-aph(2")-la, VanC1 et VanC2 dans les isolats d'Enterococcus, respectivement. Des gènes de pompe à efflux causant une résistance multigène ont été détectés dans les isolats d'Enterococcus (34,4 %). Les résultats ont montré qu'il y avait des entérocoques dans l'abattoir avec un certain nombre de gènes liés à la virulence qui pourraient être nuisibles à la santé humaine.