Le compendium de 5810 génomes des microbiomes intestinaux des moutons et des chèvres fournit de nouvelles perspectives sur l'utilisation des glycanes et des mucines

Le microbiote intestinal des ruminants est essentiel à l'adaptation écologique, à l'évolution et à l'utilisation des nutriments, car il régule le métabolisme énergétique, favorise l'absorption des nutriments et améliore la fonction immunitaire. Pour étudier les rôles fonctionnels des principaux microbiotes intestinaux chez les moutons et les chèvres, il est essentiel de construire des catalogues de gènes microbiens de référence et une base de données de génomes microbiens de haute qualité. Un total de 320 échantillons fécaux ont été collectés auprès de 21 races différentes de moutons et de chèvres, provenant de 32 fermes distinctes. Le séquençage métagénomique approfondi et l'assemblage par binning ont été utilisés pour construire une base de données d'informations sur les génomes microbiens pour le microbiote intestinal. Nous avons réussi à générer les plus grands catalogues de gènes de référence pour les microbiotes intestinaux des moutons et des chèvres, contenant respectivement plus de 162 millions et 82 millions de gènes prédits non redondants, avec 49 millions de gènes prédits non redondants partagés et 1138 espèces partagées. Nous avons constaté que l'environnement d'élevage a un impact plus important sur la composition et la fonction microbiennes que l'effet de l'espèce de l'hôte. Grâce à une assemblage ultérieur, nous avons obtenu 5810 génomes assemblés à partir de métagénomes (MAGs) de qualité moyenne à élevée, dont 2661 étaient des espèces encore non identifiées. Parmi ces MAGs, nous avons identifié 91 taxons bactériens qui colonisent spécifiquement l'intestin des moutons, qui codent des loci d'utilisation des polysaccharides pour la dégradation des glycanes et des mucines. En mettant en lumière les communautés microbiennes co-symbiotiques dans l'intestin des petits ruminants, notre étude améliore considérablement la compréhension de leur dégradation des nutriments et de leur susceptibilité aux maladies. Nos résultats mettent en avant l'immense potentiel des ressources inexploitées en espèces bactériennes fonctionnelles chez les ruminants, élargissant davantage nos connaissances sur la manière dont le microbiote intestinal des ruminants reconnaît et traite les glycanes et les mucines. Vidéo Résumé.