La structure de la protéine associée au nucléotide YejK d'E. coli révèle un nouveau clamp de liaison à l'ADN

Résumé Les protéines associées au nucléotide (NAP) jouent des rôles centraux dans l'organisation des chromosomes bactériens et les processus liés à l'ADN. La protéine YejK d'Escherichia coli est une NAP hautement abondante, mais mal comprise. Les protéines YejK sont conservées chez les bactéries Gram-négatives mais ne montrent aucune homologie avec une protéine de liaison à l'ADN précédemment caractérisée. Par conséquent, la manière dont YejK se lie à l'ADN est inconnue. Afin d'acquérir des informations sur la structure de YejK et son mécanisme de liaison à l'ADN, nous avons réalisé des analyses biochimiques et structurales sur la protéine YejK d'E. coli. Les tests biochimiques montrent que, contrairement à de nombreuses NAP, YejK ne montre pas de préférence pour l'ADN riche en AT et se lie de manière non spécifique à la séquence. Une structure cristalline a révélé que YejK adopte un nouveau repliement composé de deux domaines. Étonnamment, chacun des domaines possède un bras étendu qui médie la dimérisation, créant un clamp asymétrique avec un pore de 30 Å de diamètre. Le revêtement du pore est électropositif et la mutagenèse combinée avec des tests de polarisation de fluorescence soutiennent la liaison de l'ADN à l'intérieur du pore. Enfin, nos analyses biochimiques sur des protéines YejK tronquées suggèrent un mécanisme pour le chargement du clamp YejK. Ainsi, ces données révèlent que YejK contient un motif de liaison à l'ADN nouvellement décrit qui fonctionne comme un nouveau clamp.